《黑／白》的事件结束两年后，Ｎ不知所踪，《黑／白》主角也追随其而去。新一代的主角从合众地区的新兴居住区展开了旅程，并遇到了神秘的男人阿克罗玛，但是贼心不死的魁奇思却携分裂后的新等离子队卷土重来，原来，新等离子队聘用过于痴迷科学的阿克罗玛作为的表面的新老大，而魁奇思则暗中将目标锁定为合众的第三只神秘的宝可梦——酋雷姆，并展开了冻结整个合众的计划，驾驭阴阳二龙的N前来解救却遭到暗算，而等待英雄的酋雷姆的真正实力居然是……