卡洛斯地区的主角与伙伴们一同踏上了拜访宝可梦博士布拉塔诺博士与挑战宝可梦联盟的旅行，在与冠军卡露妮和博士的挚友弗拉达利交谈时主角得知了关于“永恒生命”的秘密，而弗拉达利控制的，已经渗透进卡洛斯生活的闪焰队的种种假象背后，居然潜藏着一个巨大的阴谋，一切都源自于3000年前，卡洛斯的帝王为了为自己的宝可梦复仇，制造出了毁灭性的武器——最终兵器。最终玩家则成为了生命与毁灭的无限可能性的创造者，不得不与代表生命的哲尔尼亚斯或代表死亡的伊裴尔塔尔对峙……