新的冒险舞台合众地区，主角和儿时伙伴黑连、白露获得了红豆杉博士送给的礼物——最初的伙伴，并在这个地区展开各自的冒险。旅途初期，主角遇见了四处宣讲并拉拢市民的等离子队，并与他们发生多次冲突。同时也邂逅了自称为“等离子队的王”的神秘少年——Ｎ，在与其对战时得知了等离子队的伟大目标——解放所有的宝可梦，然而等离子队背后的黑手却并非将这个目标贯彻，而是另有图谋。在主角抵达宝可梦联盟之时，等待主角的居然是战败的冠军和等离子队拔地而起的城堡，主角毅然走进了这座署名为N之城的神秘城堡，在那里理想与真实的对决就此展开！