新要素

• 当初次游玩游戏时，在大木博士出现前，会说明游戏按键控制和游戏基本目标。
• 新增帮助功能，可以从玩家提问的角度去了解宝可梦相关内容。
• 新增对战搜寻器——可以和户外训练家重新对战。
• 新增声音记录器——记录主要角色的资料。
• 玩家可以选择男或女主角。
• 继承了第二世代、第三世代新增的特性、属性、携带物品、招式等系统。
• 在进入某些地点如常青森林、地鼠洞穴时，会有一个全屏的地点绘图显示。
• 在每次正式游玩游戏前，会增加提前概要，会简述主角旅行途中的重要事件。
• 日版中，男性角色对话框的字体类似标准字体；而女性角色的字体类似手写字体。
  • 海外版中，男性角色对话文字为蓝色；女性角色对话文字为粉红色。
• 某些第一世代宝可梦可以进化为第二世代或第三世代新增的宝可梦，例如吉利蛋可以进化为幸福蛋，但必须在满足获得全国图鉴的条件下才能进行。
• 宝可梦图鉴增加全新分类搜索功能——以9种生态场所为搜索条件的宝可梦分类。
• 通过无线适配器就可以直接和其他玩家进行宝可梦交换或对战。

剧情变化

• 新地点：七之岛，主角可以在这里捕捉同世代的《红宝石／蓝宝石／绿宝石》很难获得的第二世代的宝可梦。
  • 火箭队的剧情延伸到七之岛。
  • 在第２岛可以让最初的伙伴学习爆炸烈焰、加农水炮或疯狂植物。
  • 第２岛有欢乐游戏城。
  • 宝可梦培育可以在第４岛上进行。
  • 七之岛的剧情结束后，四天王的队伍会增加第二世代的宝可梦。
  • 可通过神秘礼物得到神秘船票，乘坐海烈焰马号来到肚脐岩，前往收服凤王和洛奇亚。
  • 可通过使用裂空的访问者 代欧奇希斯的预售票兑换（日版），纽约宝可梦中心等活动赠送（海外版）得到极光船票，乘坐海烈焰马号来到诞生之岛，前往收服代欧奇希斯。
• 可以收服城都地区的凤王卫队雷公、炎帝或水君，但只能根据选择的最初的伙伴而捕捉到对应的一只，分别为妙蛙种子——炎帝、小火龙——水君、杰尼龟——雷公。
• 火焰鸟不再在冠军之路，而可以在灯火山找到。

宝可梦

• 新增代欧奇希斯的攻击形态和防御形态。火红中的形态为攻击形态，叶绿中的形态为防御形态。

音乐变化

• 传说的宝可梦闪电鸟、急冻鸟、火焰鸟拥有特殊的战斗背景音乐；超梦拥有专属战斗背景音乐。
  • 与幻之宝可梦代欧奇希斯战斗时也有专属的背景音乐。
• 所有四天王对战时都使用道馆馆主的背景音乐。
• 无人发电厂的背景音乐改为宝可梦屋的背景音乐。