主角正在观看有关红色暴鲤龙的突发新闻，却被冒失的邻居喊去郊外的心齐湖去寻找同样的宝可梦。当主角一行被野生宝可梦袭击之时，在山梨博士的帮助下，主角取得了最初的伙伴，而主角与劲敌也萌生了一起冒险的念头。

在旅行的过程中，主角遇到了故弄玄虚的组织银河队，并从神奥地区的冠军那里得知了有关掌管空间和时间的龙的传说。然而冷酷的银河队的老大赤日目的就是要利用湖之传说的宝可梦来解开时空二龙的枷锁，创造所谓的“没有情感的完美的新世界”。赤日疯狂的行为引发了时空二龙的碰撞，世界即将崩坏，而拯救世界就只能靠主角的孤注一掷了。