因父亲在丰缘地区任职道馆馆主而从城都地区搬来的主角，在未白镇与宝可梦博士小田卷的子女一同踏上了旅行。途中遇到了想要扩大陆地的熔岩队R／想要扩大海洋的海洋队S，与阻止他们的海洋队R／熔岩队S，主角在与邪恶组织周旋的过程中，邪恶组织的老大利用朱红色宝珠R／靛蓝色宝珠S释放了固拉多R／盖欧卡S，给世界带来了可怕的天气灾害。主角能否力挽狂澜，平息传说的宝可梦所带来的灾难，并称霸彩悠市的宝可梦联盟，成为新一代的冠军呢？