新故事

• 劲敌和冠军变为了小进。
• 阿波罗成为了原火箭队的干部。
• 主角能够遇见赤红、青绿和碧蓝，并与之对战。
• 在完成递送包裹任务之前，火箭队三人组代替了醉酒的老人阻挡主角前往２号道路。
• 增加于１０号道路遇见科拿的剧情。
• 增加了卡拉卡拉和死去的嘎啦嘎啦相遇的剧情。
• 在火箭队基地，增加了搭档取得电梯钥匙的剧情。
• 主角挑战常青道馆前，增加了取得钥石及超级石的剧情。
• 主角于常青道馆战胜坂木并取得绿色徽章后，便改由青绿担任新的常青道馆馆主。
• 增加在通关后于１７号道路遇见火箭队三人组的剧情。

宝可梦

• 包含了关都的全部151只宝可梦以及第一世代阿罗拉的样子的宝可梦。
• 野生宝可梦在地图上均为可见。部分宝可梦会主动靠近与玩家互动。
  • 相同种类宝可梦的不同个体拥有各自的身高和体重，可以通过红色或蓝色光环确定是比图鉴上的高还是低。
  • 异色宝可梦在地图上可直接看见，并且有特殊效果。
• 最初的伙伴为搭档皮卡丘^LP或搭档伊布^LE。
  • 搭档宝可梦的种族值与普通的皮卡丘、伊布相比有所提升，且6项能力的个体值必定是31。
  • 搭档伊布与普通的伊布一样，拥有性别差异。可以通过游戏开始时出现尾巴形状或花纹判断皮卡丘或伊布的性别。
• 两只新的幻之宝可梦登场：美录坦及其进化型美录梅塔。
• 根据宝可梦的体型和习性，能够让宝可梦跟随在身后或者骑乘。

新要素

• 主角能够改变自己的服装与造型。
• 可以与最初的伙伴——搭档宝可梦有更多的互动，同时搭档也会在冒险中发挥更多作用，帮助主角完成各种事情。
  • 可以通过和搭档宝可梦一起玩的界面与搭档互动，从而加深感情，收获礼物。
  • 可以为搭档换装，改变发型。
  • 搭档皮卡丘和伊布可以学会各自的搭档招式，还可以在对战中帮助场上的宝可梦提升能力。
  • 搭档可以使用秘术，帮助主角完成冒险。秘术取代了前代秘传学习器和宝可骑行的职能。
• 已有超级进化的关都地区的宝可梦可以超级进化。
  • 修改了超级进化的机制，只需要获得对应宝可梦的超级石即可进行超级进化。喷火龙和超梦能够自由选择超级进化的形态。
• 新增大师训练家挑战，通关后可以与分散在关都地区的精通特定某只宝可梦的训练家进行相同宝可梦的一对一挑战或出示强大的宝可梦，胜利后可以获得对应宝可梦大师的称号。
  • 打败6名大师训练家后可以挑战在石英联盟门口的赤红，击败赤红后获得特殊称号。
• 通过占卜师的占卜，可以在一段时间内遇到特定性格的宝可梦。
• 收服的宝可梦可以在宝可梦箱随时与同行宝可梦进行替换，也可以将收服的宝可梦与大木博士交换，换取糖果。
• 通过连续捕获机制，在同一地点收服越多相同的宝可梦，遇见异色宝可梦和稀有的宝可梦的几率就会越大，同时也能收获更多的对战奖励。
• 取消之前的连线机制，改为密语匹配连线的对象。在10种不同的密语中挑选出3个密语排列，相同密语的玩家将匹配连线。

新地点

• 改变了部分道馆的布局，如玉虹道馆。
• 主角不能在火箭游戏城这里使用游戏机。
• 由于游戏内不能取得自行车，故将１７号道路的自行车道替换为宝可梦大道。
  • 在宝可梦大道，骑乘可以飞行的宝可梦时，会变成高空飞行。
• 浅红市的狩猎地带被替换为GO Park。在GO Park内可以把在Pokémon GO中收服的部分宝可梦传送进这里。还可以在这里游玩一些小游戏。
• 取消原设于１９号水路的小游戏“皮卡丘的沙滩”。

新系统

• 可以与朋友分享JoyｰCon，能让两位玩家在游戏内一同冒险。
• 中文语言下可以使用中文输入法输入汉字，其中简体中文支持拼音输入法，繁体中文支持注音输入法、仓颉输入法和速成输入法。