新剧情

• 在原有的版本中，游戏内容之间经过的路程被简化，在剧情后会自动前往目标地点，而不需要玩家自行前往。
• 主角在登入名人堂后，会进入EpisodeΔ剧情，主角能在EpisodeΔ中收服代欧奇希斯。
• 小悠和小遥可以获得超级手镯。
• 开场画面使用了从宝可梦多功能导航器上的原有版本画面过渡到重制作品的画面，背景音乐也随画面过渡到新版本。
• 熔岩队和海洋队成员都有了新的形象。
• 大吾在欧米伽红宝石／阿尔法蓝宝石中不仅担任冠军，而且他会寻找超级进化的秘密。
• 主角能在EpisodeΔ可以挑战米可利在《绿宝石》的冠军队伍。
• 第一轮游戏完成后的动画变为了主角在丰缘地区完成游戏剧情的照片片段，同时会出现当时同行宝可梦中首只宝可梦。
• 与ＡＺ的战斗类似，在第一轮游戏最后增加一场与小悠或小遥（视选择主角而定）的战斗。

宝可梦

• 能够超级进化的宝可梦数量增加，增加可以超级进化的宝可梦有：蜥蜴王、巨沼怪、勾魂眼、巨金怪、蒂安希、七夕青鸟、暴飞龙、长耳兔、差不多娃娃、呆壳兽、喷火驼、巨牙鲨、艾路雷朵、烈空坐、大针蜂、大比鸟、大钢蛇和冰鬼护。
  • 拉帝亚斯和拉帝欧斯的超级石拥有了获得方式。
• 固拉多和盖欧卡可以携带宝珠进行原始回归，形态转换为原始固拉多和原始盖欧卡。
• 胡帕拥有新形态——解放胡帕。
• 丰缘图鉴新增了艾路雷朵、大朝北鼻、黑夜魔灵、铃铛响、超甲狂犀、雪妖女、含羞苞、罗丝雷朵和自爆磁怪共9只第四世代宝可梦插入原编号中，且部分训练家做出了适当调整。
• 尾部心型部分是黑色的特殊皮卡丘可以换装为换装皮卡丘，5种形态分别对应了宝可梦华丽现场大赛的5种组别。包括了偶像皮卡丘、博士皮卡丘、面罩摔角手皮卡丘、贵妇皮卡丘、硬摇滚皮卡丘。
• 在第一轮游戏结束后，小田卷博士会再送出城都地区、合众地区和神奥地区的最初的伙伴，是历代版本中送出最多初学者宝可梦的版本。
• 第一轮游戏后期可以遇见很多丰缘图鉴中不存在的宝可梦，包括部分传说的宝可梦。

要素变化

• 主角可以通过飞翔前往城市之外的地点。
• 主角骑自行车可以进入高草丛。
• 主角可以同时拥有两台自行车。
• 游戏中，出现了可以改变背景音乐的功能。
• 各个城市出现大量与卡洛斯地区有关的内容，如风野自行车店的自行车全部变为卡洛斯进口，紫堇市与密阿雷市成为友好城市，并出现卡洛斯的旅游信息等。
• 水静美术馆内出现部分第四世代的传说的宝可梦的画像。紫堇市二楼住宅区的其中一间房间出现棱镜塔和精练之塔的相片。
• 玩家不需要通过活动赠送道具才能前往南方孤岛，而是成为剧情必经之地。
• 紫堇市由露天城市变为了一座回字形二层建筑。增加了宝可梦里程中心、紫堇美食广场、奖章店、反转对战服务等地点。
• 对战度假地替换了《红宝石／蓝宝石》中的对战塔。
• 弃船被替换为海紫堇。
• 紫堇市的游戏城歇业了。
• 水静市的宝可梦中心旁增加了一名回忆少女，宝可梦训练家同好会被替换为宝可梦华丽大赛同好会。
• 主角如果将一只宝可梦从《红宝石／蓝宝石／绿宝石》跨世代传送到《欧米伽红宝石／阿尔法蓝宝石》中，将传送的宝可梦放在首位，主角能在静水民宿内获得一张时光旅行证明书。
• 天旱石窟的楼层扩充，完成固拉多^ΩR/盖欧卡^αS剧情后，主角能在此处遇见席多蓝恩。
• 《欧米伽红宝石／阿尔法蓝宝石》调低了遇见野生宝可梦的概率，调高了烈空坐的捕获率。

新系统

• 宝可梦华丽大赛变更为宝可梦华丽现场大赛，琉琪亚作为宝可梦华丽现场大赛的偶像登场。
• 时间系统根据第四世代之后的设定增加了昼夜设定。
• 秘密基地变更为超级秘密基地，并增加了秘密小岛、秘密海滨和秘密花圃3个创建秘密基地的新区域位于游戏中。且增加了基利作为秘密基地专家登场。
• 无限宝可梦的超级进化形态可以进入翱翔高空，使主角在全丰缘地区上空飞行，寻找天空中的裂缝以及其中部分岛屿，能遇见由胡帕传送而来的第二世代、第四世代及第五世代的传说中的宝可梦。主角能够前往的岛屿包括原始森林、无名平原、未知洞窟、朦胧洞窟、歪曲洞穴、弓形岛。
• 宝可梦导航器变更为宝可梦多功能导航器，拥有图鉴导航、地图导航、电视导航、游戏导航4个功能。
• 主角能与训练家进行群聚对战。