《黑/白》的事件结束两年后,N不知所踪,《黑/白》主角也追随其而去。新一代的主角从合众地区的新兴居住区展开了旅程,并遇到了神秘的男人阿克罗玛,但是贼心不死的魁奇思却携分裂后的新等离子队卷土重来,原来,新等离子队聘用过于痴迷科学的阿克罗玛作为的表面的新老大,而魁奇思则暗中将目标锁定为合众的第三只神秘的宝可梦——酋雷姆,并展开了冻结整个合众的计划,驾驭阴阳二龙的N前来解救却遭到暗算,而等待英雄的酋雷姆的真正实力居然是……
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