角色变化

• 男女主角有了新的设计，分别为阿响和琴音。
• 火箭队手下有了新的设计，并有了新的4名火箭队干部，分别为阿波罗、雅典娜、拉姆达和兰斯。就像银河队干部的名字和行星相关，火箭队干部的名字和现实世界的火箭相关。

新要素

• 全部493种宝可梦都可以跟随在主角身后，异色的特殊颜色也会得到保留，玩家可以对宝可梦按A键与宝可梦交流并查看心情，在对战中宝可梦会从身旁而非精灵球内登场。除非一些特定的情况，例如骑着自行车，或者较大体积的宝可梦进入较小的空间内。
• 常青市的训练家之屋出现的会是通过两个宝可计步通信的训练家。
• 跑步鞋可以在吉花市获得，并可在菜单中选中即可使用。登记的重要物品，也可在触摸屏直接选择。《心金／魂银》中可以登记2个重要物品。
• 宝可装置的电话功能可以无限多次地请求训练家对战，不过可以再度对战的训练家以时间和星期而定。和宝可表的标记地图功能类似，主角可以从宝可装置的地图处得知游走宝可梦位置。
• 宝可梦寄放系统、包包、同行宝可梦的界面，以及游戏菜单的操作，可以完全使用DS的触摸屏。
• 愤怒馒头成为了重要物品。
• 首次和劲敌对战时，他的名字显示为“过路的少年”，而不再是原作中的“???”。在回到若叶镇后，仍然需要为他起名字。
• 在对战外使用潮旋，漩涡并不会像《金／银》一样消失，而是直接通过漩涡。
• 携带特定的基础点数增强道具生蛋可能会遗传宝可梦的个体值。
• 使用头锤撞击特定的树木，依然可以遇到野生宝可梦，不过在《心金／魂银》中，获得全国图鉴后还可遇到丰缘地区和神奥地区的宝可梦。
• 阿杏在道馆中的位置变为在道馆的中间。
• 在游戏中出现的摄影师可以为训练家和同行宝可梦，以及道馆馆主和一些名人合影，拍摄纪念照片。
• 空木研究所有了第二层，其中住着空木博士一家，原先的房子则住着琴音／阿响一家。
• 《水晶版》中浅葱市西部的对战塔，成为了和《白金》相同的对战开拓区。
• 在湛蓝市西部，有了两条新的道路，分别为４７号道路和４８号道路，通往狩猎地带入口和埋藏之塔以及断崖洞窟。
• 白银山变得比以前更大，常青森林恢复了原貌。
• 华蓝洞窟和双子岛保持了和《火红／叶绿》一样的存在。之前在冠军之路和灯火山出现的火焰鸟，《心金／魂银》中出现在了白银山。
• 金黄市的格斗道场与神奥地区的对决场类似，可以和道馆馆主再度交战。
• 在若叶镇和１４号道路出现了风力发电机。
• 宝可装置有了全新的设计，并可根据玩家的选择更换界面样式。
• 城都图鉴有了略微的变化，加入了一些第四世代出现的宝可梦进化形。
• 可以通过电梯登上满金电台的观景台，把第二录音室替换掉了。
• 和《火红／叶绿》一样，进入特定的地点会显示过场画面，一些地方的过场画面会随着时间而有所不同，有时还会显示在这个地点中出现的某种宝可梦。
• 之前的果实树全部变为球果树。
• 如《白金》，道馆馆主、四天王、劲敌和赤红都有了动态的对战图像和引入画面。许多道馆也有了新的设计和新的谜题。
• 碎岩从招式学习器成为了秘传学习器，清除浓雾不再是秘传学习器，相应的秘传学习器０５成为了潮旋。
• 攀岩和《钻石／珍珠／白金》一样为秘传学习器０８，并且需要常青道馆的绿色徽章才可以在对战外使用。同样一些洞窟和悬崖可以通过攀岩到达。
• 主角可以在３２号道路以及满金市看到磁浮列车的轨道。
• 玩家可以看到自己所拥有的关都徽章，在《金／银》之中只能看到城都的徽章。
• 在对战外观察宝可梦的能力值时，会有蓝色标记因性格影响降低的能力值，红色标记增加的能力值。
• 在《心金／魂银》中可以通过飞翔到达宝可梦联盟大门，并且从接待处或石英高原飞向关都或城都的任何一处。另外，在《火红／叶绿》中可以飞翔的４号道路与１０号道路的宝可梦中心，在《心金／魂银》中并不能通过飞翔到达。
• 部分宝可梦能学会新的招式，比如波克比可以通过遗传学会神通力。
• 在获得16个徽章之后，可以获得ＧＢ播放器，以切换背景音乐的风格，包括新的音乐，例如４７号道路和４８号道路的音乐，和ＧＢ风格的音乐。一些GB风格的音乐，比如GAME FREAK的标题画面曲，可以通过宝可装置的广播功能收听。
• 《心金／魂银》中的树果，可以用碎片和桔梗市和浅红市的魔术师交换得到，在宝可计步器中得到，隐藏在地面，或者妈妈购买之后送到友好商店。由于一些树果并不能直接得到，所以需要像《火红／叶绿》中一样从其它版本交换。可以通过树果种植盆使树果生长，并用杰尼龟喷壶来浇水。

剧情变化

• 在两个版本中都可以遇到凤王与洛奇亚，并且只有在与凤王^HG／洛奇亚^SS对战后才可以参加宝可梦联盟。这点和《红宝石／蓝宝石／绿宝石》、《钻石／珍珠／白金》类似。在原作中，并不需要和凤王或洛奇亚对战。
• 缘朱舞场的5名和服女孩在游戏中多次登场，并会寻求主角的帮助。在从空木博士那里得到大师球之后，每位舞姬会和主角对战，对战之后，她们会前往铃铛塔^HG／漩涡岛^SS，通过跳舞分别召唤出凤王或洛奇亚。
• 在《金／银》中，主角需要在缘朱舞场和5名和服女孩对战并获得秘传学习器０３（冲浪）。在《心金／魂银》中，则是和一位闯进缘朱舞场的火箭队手下交战来获得。
• 虹色之羽和银色之羽只能使主角分别进入铃铛塔和漩涡岛，只有在获得透明铃铛或海声铃铛之后才能分别使舞姬召唤出凤王与洛奇亚。但由于《心金》中无法获得海声铃铛，《魂银》中无法获得透明铃铛。在登入名人堂后与洛奇亚^HG／凤王^SS对战并不需要铃铛道具。
• 与《金／银》不同的是，在完成某些特定任务之后才可以继续游戏，比如获得宝可装置的收讯卡之后才可以挑战小茜。
• 将官方活动赠送的皮卡丘色皮丘带到栎树林祠堂可以发生事件，出现刺刺耳皮丘。
• 其它地区的传说的宝可梦，包括丰缘地区的盖欧卡^HG／固拉多^SS可以在《心金／魂银》中获得。在将固拉多和盖欧卡传入同一个游戏中带给大木博士后，还可以获得烈空坐。在和大吾交谈后，拉帝亚斯^HG／拉帝欧斯^SS就会在关都地区游走。火焰鸟、急冻鸟、闪电鸟可以在关都的特定地点遇到，超梦则会出现在华蓝洞窟。
• 在和阿尔宙斯有关的事件中会有竹兰登场。把阿尔宙斯带到阿露福遗迹，接着可以进入神都遗迹，并获得等级为1的帝牙卢卡、帕路奇亚或骑拉帝纳。由于白金宝珠不能带到宝可梦上连接交换，所以这是在《心金／魂银》中获得白金宝珠及起源形态骑拉帝纳的唯一方式。
• 谜之水晶是和无限船票类似的道具，可以获得另一只拉帝欧斯^HG／拉帝亚斯^SS。
• 将命中注定般的相遇的谢米带到满金市的花店，可以获得葛拉西蒂亚花。
• 打败赤红后，关都和丰缘的最初的伙伴可以分别从大木博士和大吾处获得。
• 活动事件限定的时拉比可以使原火箭队老大坂木出现。
• 和《水晶版》类似，雷公、炎帝、水君依然会从烧焦塔离开，并且之后雷公和炎帝会在城都游走，水君则会在城都和关都多个地点出现，最终在２５号道路，而非铃铛塔相遇。

新系统

• 和《火红／叶绿》附送GBA无线通讯器类似，《心金／魂银》会附送精灵球形状的宝可计步器，可以和游戏连接，并在其中存放一只宝可梦。带着宝可计步在走路的途中可以给宝可梦增加经验值和亲密度。一些宝可梦可以在宝可计步中收服并传入游戏中。
• 在满金市西北方有了新的竞技项目——宝可全能竞技赛。
• 伙伴公园位于原先浅红市的狩猎地带所在地。

音乐和音效变化

• 游戏音乐进行了重新编曲，以适应DS平台。在游戏中可以得到ＧＢ播放器以切换至《金／银》的音乐风格。
• 游戏中大量使用音效，例如水流声，风吹声，和主角走到草丛中的声效。
• 缘朱市和湛蓝市原先有相同的主题音乐，现在使用了这个主题音乐的不同重制版本。
• 关都的一些音乐有略作改变，月见山和双子岛分别变为了与互连洞和冰雪小径相同的音乐。华蓝市、浅红市、红莲镇及２４号道路，不再使用与深灰市、玉虹市、金黄市、３号道路相同的音乐，转而回到《红／绿／蓝／皮卡丘》和《火红／叶绿》中使用的音乐。然而２号道路的音乐与任何前作均不相同；在《金／银／水晶版》中使用的常青森林音乐的重制作品，在《红／绿／蓝／皮卡丘》和《火红／叶绿》中则是１号道路的音乐，在《心金／魂银》中则使用了３号道路的音乐。
• 洛奇亚和凤王有了各自的对战音乐，雷公、炎帝、水君则各自使用在《水晶版》中的对战音乐的三个重制版本。