由关都地区搬至阿罗拉地区的主角在库库伊博士和岛屿之王哈拉的推荐下决定在这个没有宝可梦联盟的异国他乡参加诸岛巡礼，而同时与其一同旅行的还有博士助手莉莉艾，以及她所携带的神秘的宝可梦“小星云”。

在诸岛巡礼的考验过程中虽然有骷髅队的干扰，但主角都一一克服了，而且还了解到阿罗拉的保护组织以太基金会，并十分偶然的与神秘的究极异兽零距离接触。

但是究极异兽的存在似乎对阿罗拉是一种极大的威胁，而更为惊人的是，看似正义的以太基金会居然有着重重黑幕，这一切似乎都与莉莉艾和她手中的“小星云”有关。

主角在诸岛巡礼中逐渐遇到了更多的阴谋，而背后更是一个近乎疯狂的想法引发的巨大危机，在化解危机之时，作为未来的阿罗拉初代冠军，主角更是深入了解到了亲情，友情，乃至正义的信念，小星云的身世之谜也由此解开。

最终在拉纳基拉山的顶峰，主角与新生的阿罗拉联盟一起，完成了自己成长的一次奇妙之旅。