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《合金装备：噬蛇者3D》的故事设定在美苏冷战时期的苏联。玩家扮演代号“裸蛇”的CIA特工，奉命潜入苏联丛林营救被劫持的科学家。在执行任务过程中，“裸蛇”发现自己的导师“The Boss”竟是劫持者之一，并被她打落吊桥。此后，美国将罪责推给The Boss，“裸蛇”则奉命继续调查神秘的“哲学家遗产”。他潜入苏联头目的基地并将其消灭，最终在任务中与导师The Boss对决并将其杀死，因此被授予“Big Boss”的称号。剧情后续揭示，同伴EVA是中国的间谍，而The Boss留下的录音揭示了事件的真相，让“裸蛇”认识到国家对士兵的利用与背叛。本作是《合金装备》系列主线剧情的开端，讲述了标志性英雄Solid Snake的克隆母体Big Boss的起源故事。