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新故事
- 代替索尔迦雷欧和露奈雅拉，奈克洛兹玛将处于本作的故事中心。
- 玩家将可以前往究极之洞另一边的世界。
- 新增与故事紧密相关的组织——究极调查队。
- 历代邪恶组织老大将会在坂木麾下以彩虹火箭队的名义登场。
- 马睿因代替哈拉成为四天王。
- 哈乌代替库库伊成为第一个挑战冠军的人。
- 露莎米奈代替扎奥博在每月1日挑战联盟卫冕战；古兹马挑战联盟卫冕战顶替马睿因的空缺。
- 阿克罗玛为究极调查队制作奈克洛索尔合体器和奈克洛露奈合体器。
宝可梦
- 新增四只究极异兽及一只幻之宝可梦，共五种宝可梦。
- 鬃岩狼人新增一个形态：“黄昏的样子”。
- 奈克洛兹玛新增三个形态：“黄昏之鬃”、“拂晓之翼”和“究极奈克洛兹玛”。
- 皮卡丘新增一个形态：“就决定是你了之帽子”。
- 鬃岩狼人获得专用Ｚ招式——狼啸石牙飓风暴。
- 谜拟丘获得专用Ｚ招式——亲密无间大乱揍。
- 杖尾鳞甲龙获得专用Ｚ招式——炽魂热舞烈音爆。
- 索尔迦雷欧获得专用Ｚ招式——日光回旋下苍穹，奈克洛兹玛（黄昏之鬃）也能使用这个Ｚ招式。
- 露奈雅拉获得专用Ｚ招式——月华飞溅落灵霄，奈克洛兹玛（拂晓之翼）也能使用这个Ｚ招式。
- 究极奈克洛兹玛获得专用Ｚ招式——焚天灭世炽光爆。
- 阿罗拉图鉴增至403只宝可梦。
- 能够遇到在《太阳／月亮》中无法在野外遇到的宝可梦。
- 能够在究极之洞另一边的世界中遇到究极异兽和历代传说的宝可梦。
新要素
- 主角换上新的服装，并且造型也有所改变。
- 主角家中卧室的Wii U更换为Nintendo Switch。
- 记录功能从菜单内单独列出，且赋予了独立的快捷键（Y键）。
- Ｚ手环升级成Ｚ强力手环。
- 增加了新的坐骑宝可梦——巨翅飞鱼冲浪。
- 部分诸岛巡礼的考验内容及霸主宝可梦有所改变。《太阳／月亮》中没有给予玩家考验的茉莉也在本作新增自己的考验。主角在大考验中与哈普乌对战的地方变更到椰蛋树岛。
- 洛托姆图鉴能给予玩家各种帮助，包括商店打折、增加经验值获取率等，甚至能在对战中多使用一次Ｚ招式。
- 时装店出售的服饰以及美发沙龙内可选择的发型增多。
- 宝可梦中心的咖啡区出售的饮料将拥有各自的形象，而不像前作统一装在咖啡杯内。
- 通过收集霸主贴纸，主角将可以让霸主体型的宝可梦变为自己的伙伴。
- 增加招式教学，并增加了大浪海滩、海滩洞穴、慷待海滩等地点。乌拉乌拉后海岸替换为乌拉乌拉海滩。
- 主角取得最初的伙伴剧情改变，地点改为１号道路。
- 增加皮卡丘山谷、分隔岭隧道、旷野洞窟等地点。
- 增加了七不思议、寻找变为人类的百变怪、激励剧团成员、打败道路之王等任务。
- 奈克洛兹玛的收服地点变更到拉纳基拉山。
- 主角可前往听涛酒店的3楼。
- 马利埃静市增加了关都之道馆。