The Shell Part 3： Paradiso 继续开发前几期，引导游戏玩家更深入地了解自第一部分发布以来吸引他们的谜团。该行动发生在 1958 年，发生在侦探 Reiji Tokisaki 的生活中，他被攻壳女孩的案件所困扰。在最后一章中，Reiji 的任务是调查最近去世的艺术家 Shinzo Mamiya 的神秘物品。本应是例行调查的事情很快就升级为更黑暗的事情。

在他们找到的东西中，Reiji 和他的老朋友 Maris Stella 发现了一幅名为《驱逐天堂》的奇怪画作，这幅画与 Mamiya 早期作品《攻壳女孩》中令人毛骨悚然和令人不安的图像相呼应。驱逐天堂的发现标志着一系列令人毛骨悚然的事件的开始。这幅画描绘了一个单翼天使，奇怪的是，他没有手。不久之后，这具女人的尸体被发现，尸体的排列方式与 Mamiya 作品中描绘的天使惊人地相似。

The Shell Part 3： Paradiso 中的这种黑暗联系促使 Reiji 进一步调查，这导致他透露的秘密比他预期的要多。随着调查的进行，很明显，艺术与现实之间的界限越来越模糊。事实证明，受害者正在与 Reiji 过去的另一个名字 Tomoyuki Masaki 合作，这为本已混乱的叙述增添了复杂性。